La freschezza del pesce è un fattore particolarmente critico. Uno dei problemi principali della commercializzazione del pesce è la facilità con la quale i prodotti ittici vanno incontro a deterioramento. Dopo la morte, il pesce sia altera molto facilmente a causa della delicata struttura dei suoi tessuti, e di alcune particolari sostanze chimiche.
I fenomeni che avvengono dopo la morte dell'animale sono simili a quelli descritti per la carne: esaurimento delle riserve di ATP del muscolo, formazione di legami irreversibili tra le proteine del tessuto muscolare (actina e miosina), aumento dell'acidità, liberazione degli enzimi che danno inizio alle reazioni di degradazione.
Le differenze che si riscontrano sono responsabili della minor durata di conservazione del pesce, infatti:
Il cattivo odore del pesce marino non più fresco è causato da un composto chimico chiamato TMA (trimetilammina), che si genera dal rispettivo ossido (TMAO) accumulato nei tessuti.
Il pesce di acqua dolce non accumula l'ossido di TMA ma lo espelle all'esterno: il cattivo odore sembra sia causato da un derivato dell'amminoacido lisina, la piperidina.
Anche altri composti derivati dalla degradazione delle proteine, delle sostanze azotate, del lattato e dei grassi, tutte sostanze che nel pesce sono attaccabili più facilmente rispetto alla carne degli animali terrestri, concorrono alla formazione del cattivo odore.
I pesci cartilaginei come palombo e smeriglio contengono una notevole quantità di urea nel sangue, che viene trasformata in ammoniaca e anidride carbonica. Questi pesci, anche freschi, emanano un tenue odore di ammoniaca, che aumenta con l'invecchiare.
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