Il fatto che il test venga effettuato su alimenti complessi piuttosto che su singole sostanze è un altro problema molto grave. Non ha alcun senso affermare che un soggetto è intollerante, supponiamo, al pane, poiché nel pane sono contenute centinaia di sostanze. L'intolleranza può essere nei confronti di una molecola o di un gruppo di molecole, ma mai nei confronti di un alimento specifico, semmai di una molecola che è contenuta in un determinato alimento. Le sostanze contenute negli alimenti sono migliaia e attualmente non esiste un test che ne comprenda più di qualche centinaio o poche migliaia. Non a caso le intolleranze vere riguardano specifiche molecole di cui si conosce il destino metabolico e la biochimica alla base del disturbo, che sono facilmente eliminabili dalla dieta poiché si conoscono esattamente i cibi che le contengono.
Spesso capita invece che ai soggetti vengano fornite indicazioni molto generiche, a tal proposito riportiamo due mail significative.

"ho bisogno di alcune delucidazioni: mi è stata riscontrata una intolleranza al grano e alla farina di frumento e la conseguente eliminazione di tale cibo dalla mia dieta ma mi hanno dato delle indicazioni riduttive su quello che posso o meno mangiare."

"Scusate il disturbo ma siamo intenzionati a fare del gelato senza uova latte
e zucchero a causa di intolleranza alimentare dei prodotti citati.
Come possiamo fare?
Considerate che al momento il latte è stato sostituito con del latte di riso
e lo zucchero con del fruttosio o aspartame."

Nella prima mail è evidente che non ha senso eliminare il grano e la farina di frumento, quando esistono decine di altri alimenti che contengono le stesse sostanze del grano (glutine in primis - pensiamo al farro, al kamut, all'avena), è inoltre evidente che sono state fornite informazioni molto scarse riguardo i cibi concessi e quelli da evitare.
La seconda mail è semplicemente assurda perché il saccarosio è l'unico zucchero per il quale non è stata accertata scientificamente una intolleranza, al contrario del fruttosio!
Il test più efficace per determinare una intolleranza alimentare non costa nulla e prevede semplicemente l'eliminazione delle poche sostanze potenzialmente in grado di generare una intolleranza, come spiegato nell'articolo sulle intolleranze alimentari. Tutti i professionisti seri e i siti di un certo spessore scientifico propongono questo tipo di approccio e sconsigliano i test non scientifici, inoltre raccomandano sempre di interpretare in modo corretto il risultato dei test convenzionali (come il breath test per gli zuccheri e i test per la celiachia) poiché possono sempre verificarsi casi di falsi positivi o falsi negativi.

I test per le intolleranze alimentari possono essere divisi in due categorie: quelli convenzionali, accettati e utilizzati dalla comunità scientifica e dalla medicina convenzionale; e quelli non convenzionali, che non hanno dimostrato di avere sufficiente sensibilità, specificità, ripetibilità. In due parole: non funzionano, anche se vengono proposti sempre più spesso da medici e naturopati.
I test non convenzionali per le intolleranze alimentari più di moda sono
I test convenzionali in realtà non sono test per le intolleranze, ma per le allergie, ovvero sono test che mirano a determinare reazioni avverse al cibo mediate dal sistema immunitario. Tuttavia gli ultimi test proposti vanno a ricercare reazioni avverse al cibo non IgE-mediate (le immunoglobuline tradizionalmente implicate nelle allergie alimentari), per cui possono essere considerati test per le intolleranze alimentari, se consideriamo le allergie solamente le reazioni IgE-mediate. I risultati dei primi studi sono piuttosto incoraggianti [Morris A. Controversial allergy tests. www.allergy-clinic.co.uk)].

L’istamina è una sostanza che causa prurito, gonfiore e congestione. A volte, l’istamina è liberata senza il coinvolgimento delle IgE, rendendo inutili i test convenzionali. Lo scopo di questo test è quello di misurare direttamente l’istamina rilasciata in una reazione allergica, misurando il rilascio dell’istamina dai basofili (una delle popolazioni cellulari coinvolte nelle allergie) in vitro. Mescolando tutte le sostanze possibili con i basofili del paziente è possibile misurare il rilascio di istamina e in base ad essa la positività della sostanza incriminata.
Problemi: il test è costoso, va effettuato con sangue fresco, e genera ancora troppi falsi positivi.

Questo test misura altri mediatori dell’allergia noti come sulfido-leucotrieni, che promuovono la reazione allergica non mediata dalle IgE e la conseguente infiammazione. Questo test può essere utilizzato nel caso di allergie non mediate dalle IgE. Il test CAST è valido soprattutto nel caso di farmaci, veleno d'api e vespa, additivi e coloranti alimentari.
Problemi: il test ha bisogno di un campione di sangue fresco ed è costoso.

L'LTT studia le reazioni da ipersensibilità ritardata, che impiegano oltre 24 ore a manifestarsi e in cui è molto difficile trovare l’allergene responsabile. Le cellule T del soggetto vengono incubate con l’allergene per 5 giorni, poi si misurano le citochine (i principali mediatori chimici coinvolti in questo tipo di reazione avversa).
Problemi: il test rileva troppi falsi positivi e quindi deve essere sottoposto ad ulteriori valutazioni.