Lo yogurt viene prodotto utilizzando due lattobacilii: il Lactobacillus bulgaricus e lo Streptococcus termophilus, in un rapporto di circa 1:1.
La fermentazione da origine ad acido lattico e a piccole quantità di altre sostanze responsabili dell'aroma, la consistenza vellutata dello yogurt è dovuta alle sostanze viscose prodotte dal Lactobacillus bulgaricus.
La produzione dello yogurt prevede una fase di preparazione del latte, dopodiché si diversifica in base alla tipologia del prodotto.

Il latte intero viene portato alla quantità di lipidi desiderata, omogeneizzato e concentrato tramite evaporazione sotto vuoto. Nei paesi dove è consentito (in Italia non si può) il latte viene concentrato aggiungendo latte in polvere.
Il latte subisce poi un trattamento termico a 95 gradi per 5 minuti o 80-85 gradi per 20-30 minuti, per causare modificazioni sulle proteine e sui minerali in modo tale da avere una consistenza migliore. Inoltre, uccidendo praticamente tutti i microorganismi si favorisce lo sviluppo dei lattobacilli che non entrano in competizione con quelli presenti naturalmente nel latte.

Le colture microbiche hanno uno sviluppo ottimale a 42-43 gradi. Il latte viene quindi portato a questa temperatura e inoculato delle colture microbiche nella misura dell'1%.
Nel caso dello yogurt compatto o a coagulo intero la fermentazione avviene direttamente nella confezione finale (il Kir della Parmalat ne è un esempio).
Nello yogurt cremoso o a coagulo rotto, invece, la fermentazione avviene in grandi serbatoi. Una volta formato, lo yogurt viene miscelato e addizionato con frutta, aromi e quant'altro e viene confezionato.
La durata della fermentazione è di circa 3 ore in entrambi i casi.
Il prodotto finale si conserva circa un mese a 4 gradi.
La legge vieta l'utilizzo di gelificanti e addensanti. La percentuale di frutta da aggiungere non può essere superiore al 30%. Gli yogurt interi devono avere una percentuale di grassi maggiore del 3% e quelli magri inferiore all'1%.

Lo yogurt ha la stessa composizione del latte di partenza, a parte una piccola quantità (1%) di lattosio che si trasforma in acido lattico.
Lo yogurt ha alcuni vantaggi indiscussi che lo rendono uno degli alimenti più importanti per una alimentazione sana: