Assaggiando la cagliata fresca, non si noterebbero particolari differenze tra un formaggio e l'altro. Durante la maturazione (o stagionatura) avviene la degradazione dei macronutrienti da parte di enzimi del latte e dei batteri naturalmente presenti, o aggiunti volontariamente. Il risultato di queste trasformazioni è il sapore e l'odore tipico di un formaggio.
Vediamo le principali trasformazioni che avvengono durante la maturazione.
Una volta conclusa la fase di spurgo, il contenuto idrico diminuisce lentamente per evaporazione e per osmosi. A seconda del tipo di formaggio, la perdita di acqua va dal 25 al 60% della quota iniziale, ed è maggiore per quelli a lunga stagionatura e a pasta dura.
La formazione della crosta è molto importante grazie alla sua azione protettiva dalle contaminazioni esterne e da una eccessiva disidratazione. Spesso la crosta è rivestita di olio di lino, cera, paraffina o plastica.
Sulla crosta di alcuni formaggi come il brie e il camembert vengono fatte sviluppare muffe, in altri come il taleggio queste si sviluppano naturalmente: in entrambi i casi esse contribuiscono a caratterizzare le qualità organolettiche del prodotto.
Il lattosio presente nella cagliata viene trasformato dai batteri lattici in acido lattico, alcool etilico e anidride carbonica. Quest'ultima è responsabile dell'occhiatura di alcuni formaggi come l'emmenthaler.
L'acido lattico viene poi trasformato in composti aromatici o viene trasformato in un sale, il lattato, responsabile delle piccole macchie bianche del formaggio grana.
La trasformazione della caseina produce le variazioni più evidenti a carico della pasta, che diventa più o meno morbida e colorata, e del sapore.
L'acido lattico prima e gli enzimi proteolitici poi causano la scissione di parte della caseina in amminoacidi e peptidi, che conferiscono aromi e sapori particolari. Queste scissioni rammoliscono la pasta: dunque sono molto più spinte nei formaggi molli (come la crescenza e il gorgonzola) rispetto a quelli duri.
I lipidi vengono attaccati dagli enzimi dei microorganismi, che sono debolmente attivi ma producono forti modificazioni delle caratteristiche del formaggio poiché liberano sostanze fortemente aromatiche come gli acidi grassi a catena medio-corta tipici del latte.
I formaggi di pecora e capra hanno un sapore più piccante e aromatico grazie al contenuto maggiore di acidi grassi a catena medio-corta (capronico, caprilico e caprinico): questa differenza si evidenzia solo quando questi acidi grassi vengono scissi dai trigliceridi con la maturazione.
I formaggi molli sono quelli più interessati dalla trasformazione dei lipidi, in particolare dalle muffe aggiunte nei formaggi erborinati (gorgonzola, roquefort, ecc.), che producono l'irrancidimento chetonico e alcuni composti come i metilchetoni, che conferiscono il particolare sapore piccante a questi formaggi.